1、要把进水口接上高压水龙头，出水口卸掉，打开高压水冲洗，顺便还可以把发动机冷却管道里的污垢一并冲刷出来，再封上，加注冷冻液。
2、汽车水箱结垢以后可以用水箱清洁剂清洗除垢。一般的清洗剂，无法彻底清除水道内的水垢和酸性物质，有时也能泡下来大片脱落的水垢，但这样会堵塞水道，有时要拆下水箱进行清洗。如果用质量好的强力清洗剂，水垢会呈现粉末状悬浮在冷却液中，不会堵塞发动机内的水道。所以选购水箱清洗剂时，千万不要只图便宜。
3、人工清理法：需把汽车水箱拆卸下来，用人工锤、刮、铲等清除水垢;除垢效率低、劳动强度大，不易清除干净，易造成水箱二次损害。
4、普通水垢清洗剂：需拆卸水箱，清除不彻底、异味大、腐蚀性强，易造成水箱老化，缩短其使用寿命。
5、专业汽车水箱除垢剂：不需拆卸即可清洗，还可在不停车的条件下清洗。可直接将专用的水垢清洗剂倒入汽车水循环系统中，让其浸泡、怠速循环或行驶20-30分钟后，将水箱及系统内部的除垢剂排放掉，加水反复冲洗干净既可有效清除发动机水循环系统中的水垢、锈、泥及各种有害物质。
6、此外，要避免水垢的产生，就要注意水箱冷却液的选用。许多驾驶员不重视冷却液的使用及优劣，通常加入水箱的只是普通的水。冷却系统中最常见的就是生锈、结垢、腐蚀等问题。而造成这些的主要原因就是没有使用好的防冻液。好的防冻液不仅是低凝点，而且有其他各种功能的添加成分，能抑制泡沫、防锈、防电解和防水垢等等，建议到专业清洗店或4S店清洗。